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Le Fort de Balaguier offre une vue imprenable sur la Rade de Toulon, qui est encore pointée par des canons restaurés.

Dès les XV^e et XVI^e siècles, Toulon, alors ville royale, arsenal des vaisseaux, connaît un essor important en devenant un véritable arsenal des vaisseaux royaux. Les rois Louis XII, François 1^er, puis Henri IV, s'attachent à en renforcer les défenses. Édifiée au début du XVI^e siècle (1514) à l'initiative de Louis XII, la Tour royale est une tour à canons, le premier ouvrage militaire défensif destiné à protéger la rade de Toulon.

À l'issue d'une inspection des côtes de Provence par Henri de Séguiran, premier président du parlement de Provence et lieutenant du grand maître de la navigation qu'était le cardinal de Richelieu, la construction du Fort Balaguier est décidée et entreprise afin de contrer les intentions belliqueuses de la maison de Habsbourg en Méditerranée. Les travaux de construction de cette tour à canon débutèrent en 1634 pour s'achever en 1636.

La construction du fort Balaguier correspond à un impératif stratégique : interdire l'accès de la rade de Toulon, ce que la Tour royale ne peut, à elle seule, garantir. La distance entre les deux ouvrages, étant de 1.350 mètres, la portée maximale efficace de l'artillerie est de l'ordre de mille mètres. Durant cette période, Richelieu fait édifier un ensemble de tours défensives sur les côtes de Provence depuis Antibes (tour du Grillon) à l'île des Embiez (tour Sainte-Cécile), en passant par les îles d'Hyères.

En 1673, les défenses du fort sont revues et améliorées par l'ingénieur de la marine Gombert, pendant la guerre contre la Hollande, avec l’adjonction de deux batteries à ciel ouvert. Lors de ses inspections de Toulon en 1679, Vauban se montre critique à l'égard de l'ouvrage, qu'il estime mal protégé contre un coup de main venant de la terre. Il donne un projet d'amélioration de la tour et de son enceinte, avec l’adjonction de remparts complémentaires en forme d’étoile, qui ne sera pas réalisée.

À la fin du mois d’août 1793, les Anglais entrent dans Toulon et le fort Balaguier devient le point de mire des observateurs. D'abord refuge des marins qui refusent l'occupation anglaise, le fort de Balaguier devient le théâtre d’affrontements entre troupes républicaines et britanniques. Napoléon Bonaparte, jeune commandant de l'artillerie républicaine, a compris quelle importance stratégique revêt l'emplacement du « deuxième verrou » qu’est le fort Balaguier de la rade de Toulon. Après deux mois de combats, il réussit à faire prévaloir son plan et menant ses troupes à l'attaque par voie de terre, il investit le fort de Balaguier le 17 décembre 1793. Les canons républicains sont désormais braqués sur la flotte anglaise qui se retire.

Le fort est remanié en 1846. La batterie est augmentée sur l'aile droite, qui est allongée et munie d'un puissant parapet en terre. Globalement, l'édifice est composé d'un sous-sol et équipé d'une citerne et de magasins à poudre et des lieux de stockage pour vivres ainsi qu’une salle des cheminées, une chapelle et des batteries. L'accès depuis l'extérieur se fait par un pont-levis. Ce niveau est constitué d'une salle voûtée destinée au casernement d'une quarantaine d'hommes. La partie supérieure de la tour est pourvue d'une plate-forme à canons et d'un chemin de ronde percé de créneaux de fusillade pour la défense rapprochée. De part et d'autre de la tour proprement dite, une batterie rasante a été construite. La Tour du Fort a un diamètre de 19,50 mètres.

Occupé par les Allemands en 1942, le fort Balaguier est libéré en 1944. La carrière militaire du fort Balaguier s'achève le 1^er janvier 1967, quand le bâtiment est loué à la ville de La Seyne sur Mer.

Le fort, propriété de la Marine nationale, est loué par la municipalité en 1967 et abrite à partir de 1970, à la fois musée d'art et d'histoire navale sur l'histoire maritime locale, le bagne de Toulon et la vie des forçats, présentant des expositions relatives à la marine méditerranéenne et à son histoire.