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Par arrêté du 11 novembre 1916, le ministre de la Marine crée une section historique dépendant de la 1re section de l’Etat-major général (EMG) de la Marine. Elle est chargée « de recueillir, de classer et de mettre en œuvre tous les documents qui se rapportent à l’action de la marine dans la guerre actuelle ». Ces archives, dissociées des fonds conservés par les Archives centrales, doivent être expédiées dans les plus brefs délais à Paris par les unités dès qu’elles ne leur sont plus nécessaires. Les travaux de classement et d’inventaire sont assurées par un archiviste-paléographe, placé sous l’autorité d’un officier supérieur et assisté d’un aide de bureau. Le travail est important mais de nombreuses pièces ne parviennent pas à la section malgré les nombreux rappels à l’ordre. Le registre des entrées pour 1917 fait apparaître que les unités ne gardent en leur possession que deux ans d’archives.
Le 20 juillet 1919, le Service historique de la Marine (SHM) est créé. Les attributions de la Section historique, intégrée au nouveau service, sont élargies et elle peut désormais exploiter ses fonds ainsi que ceux des Archives centrales et autres dépôts afin « d’assurer l’établissement des enseignements du passé », de mener des études historiques, de diriger des publications officielles, et de traduire des articles ou ouvrages étrangers. Mais ces dernières missions sont délaissées, l’activité étant absorbée par le traitement des fonds (« A la réception des documents, le travail consiste à ouvrir les caisses, à en extraire les pièces (qui sont souvent dans un désordre inimaginable), à les classer, à les inventorier sommairement sur registres et sur fiches et à les ranger en cartons, sans préjudice d’un classement ultérieur. Il faut avoir vu cette opération pour se faire une idée de la patience et du temps qu’elle nécessite ». Rapport du CF Castex, chef du Service historique de la Marine (15 novembre 1920)).
Le 25 août 1919, face aux manquements des services et bâtiments, le ministre de la Marine ordonne le versement à la Section historique de tous les documents produits entre le 1er janvier 1914 et le 31 décembre 1917 (l’art. 5 du règlement du 25 décembre 1920 modifiera cette période et la portera du 1er janvier 1914 au 31 décembre 1919).
Malgré les pertes de documents en mer, le fonds 1914-1918 prend de plus en plus d’importance au fil des versements. La section passe son temps « à harceler les retardataires » (rapport d’activité du CF Castex, 15 novembre 1920) et un nouveau rappel à l’ordre ministériel est lancé le 23 février 1922, contre les unités qui n’effectuent pas leurs envois réglementaires. Les archives occupent bientôt une grande partie des sous-sols de l’immeuble de l’avenue Octave Gréard (7e arr.) où est installé le jeune service historique, et commencent à coloniser les étages supérieurs. En janvier 1924, sous la menace d’une inondation, l’essentiel de ce qui deviendra la série SS est évacué des caves et dispersé dans le reste des étages de l’immeuble. Quelques mille cinq cents cartons sont « mis hors service au cours de cette opération ».
Malgré cet aléa et le manque de moyens, les travaux avancent. A l’été 1924, le « groupe C » des archives 1914-1918, celui consacré aux bâtiments (la future sous-série SS Y), est complètement classé. « Mais il manque un grand nombre de bâtiments, particulièrement les chalutiers ; malgré les recherches effectuées dans les ports, ces archives individuelles n’ont pu être retrouvées » (conférence du sous-chef d’état-major général, 2 juillet 1924).
Pendant le second conflit mondial, les archives de la Grande Guerre demeurent à Paris, à la différence d’autres documents, évacués en zone libre pour échapper à l’occupant. L’archiviste-paléographe Charles Braibant prend la tête du « détachement » du Service historique de la Marine à Paris et en profite pour inclure les archives de la Première Guerre mondiale dans le « classement général », se chargeant de terminer leur inventaire. Ce n’est que dans les années 1950, que la série SS (Première Guerre mondiale) voit le jour avec la cote et le plan de classement qu’on lui connaît.